Второй сезон Клиники продолжает следить за профессиональным и личным становлением Джей Ди, Тёрка и Эллиот, которые теперь являются ординаторами, несущими больше ответственности в больнице Святой Милосердной. Их дружба и рабочие отношения подвергаются новым испытаниям, а доктор Кокс, их циничный наставник, сталкивается с собственными сложностями, возобновляя отношения со своей острой на язык бывшей женой Джордан. В больнице царит привычный хаос, полный абсурдных медицинских случаев, внутренних конфликтов и трогательных моментов, которые проверяют героев на прочность.
Динамику сезона значительно меняет прибытие Дэна, брата вечного санитара Дориана, чья беззаботная и часто безответственная натура вносит дополнительный сумбур в жизнь персонажей. Параллельно развиваются сюжетные линии романтических взаимоотношений, профессиональных амбиций и моральных дилемм. Герои учатся справляться с более серьёзными случаями, ошибками и давлением, всё ещё находя место для фирменного юмора и нелепых ситуаций, определяющих дух сериала, что делает этот сезон важным этапом в их карьерном и личностном росте.