Третий сезон сериала Клиника продолжает историю молодых ординаторов во время их второго года обучения в больнице Святого Сердца. Эллиот, под влиянием Уборщика, кардинально меняет свой внешний вид и стиль, что отражает её внутренние перемены. Её отношения с Джей Ди снова оказываются на грани краха, в то время как у Дориана начинается роман с Данни, сестрой Джордан, добавляя новый виток в сложную динамику персонажей. Тёрк и Карла официально помолвлены и активно готовятся к свадьбе, сталкиваясь с типичными предсвадебными хлопотами и стрессом.
Доктор Кокс переживает глубокую личную трагедию — смерть Бена, брата Джордан, что серьёзно влияет на его поведение и отношения с коллегами. Эллиот начинает отношения с Шоном Келли, но им мешает полугодовая разлука; когда Шон приезжает, она уходит к Джей Ди, хотя вскоре они расстаются. На свадьбе Карлы и Тёрка Эллиот и Джей Ди встречаются вновь, но решают не возобновлять роман, оставляя зрителей в напряжении относительно их будущего. Сезон балансирует между комедийными ситуациями и драматическими моментами, углубляя характеры героев.